Coincidiendo con la etapa de apogeo que fomentan los Duques de Medinaceli. La iglesia Mayor Prioral cuenta con tres naves cubiertas con bóvedas nervadas -la central de mayor altura y anchura que las laterales- más dos de capillas. Posee amago de crucero y ábside pentagonal. Su primitiva construcción es gótica. De la primera etapa destaca la fachada de los pies, conocida como Puerta del Perdón, sin concluir, y que presenta rasgos estilísticos del gótico tardío, similares a la portada de la iglesia del Monasterio de la Victoria. A partir de finales del siglo XVI se construyen las capillas entre las que podemos destacar la de la Patrona, la Sacramental -reformada en el siglo XVIII-, o la de los Valera o Benavides entre otras.